Hola:
Puedes probar cerrarlo según el nombre de la ventana (2º parámetro)...
ventana = window.open("destino.html", "pepe", "");
Y cerrarla así:
window.frames["pepe"].close();
Si ventana (la variable) no existe, puedes referenciar la ventana mediante el conjunto de frames (teóricamente)...
Pruébalo y nos cuentas...
Saludos
