con q version de EJB estas trabajando ??
para las versiones 2.x
es en el descriptor "jbosscmp-jdbc.xml", ahi te vas a encontrar, entre muuuuchas otras cosa, para cada entity todos sus campos, sus opciones por campo, el nombre de la tabla, etc.
solo tienes q agregarle "<auto-increment/>" dentro de los tags "</cmp-field>" al campo q quieres q sea autogenerado.
un ejemplo, un entity que tenga un solo atributo id que es Long y autogenerado se veria en el descriptor "jbosscmp-jdbc.xml" asi:
.....
<enterprise-beans>
<entity>
<ejb-name>MyEntity</ejb-name>
<create-table>true</create-table>
<table-name>myentity</table-name>
<cmp-field>
<field-name>id</field-name>
<column-name>id</column-name>
<jdbc-type>BIGINT</jdbc-type>
<sql-type>BIGINT(20)</sql-type>
<!-- aki es donde le dices q es autogenerado -->
<auto-increment/>
</cmp-field>
<entity-command name="mysql-get-generated-keys">
</entity-command>
.......