Hola Tunait, hola compañeros:
He hecho lo que me has dicho y me ha funcionado, me saca la fecha ordenada,

lo único que la hora la pierdo, o no la se imprimir:
Código PHP:
<?php
$fecha_mesmas=explode("-","".$_POST["fechamesmas"]."");
$dia=$fecha_mesmas[0];
$mes=$fecha_mesmas[1];
$year=$fecha_mesmas[2];
$fecha_mesmasfinal=$year."-".$mes."-".$dia;
$fecha_hoy=explode("-","".$_POST["fechahoy"]."");
$dia=$fecha_hoy[0];
$mes=$fecha_hoy[1];
$year=$fecha_hoy[2];
$fecha_hoy=$year."-".$mes."-".$dia;
echo $fecha_hoy;//2006-09-18
echo "<br>";
echo $fecha_mesmasfinal;//2006-9-1
$sqlf="SELECT fecha_actual, ip
FROM cuentaclicks
WHERE fecha_actual BETWEEN '$fecha_mesmasfinal' AND '$fecha_hoy'
AND url='http://$web/'
order by fecha_actual desc";
$resultadof=mysql_query($sqlf, $link)or die(mysql_error());
$cont=0;
while($rowf=mysql_fetch_array($resultadof)){
$fecha_emision=$rowf["fecha_actual"];
$fecha_emision=explode("-", "$fecha_emision");
$dia1=$fecha_emision[2];
$mes1=$fecha_emision[1];
$year1=$fecha_emision[0];
$fecha_result=$year1."-".$mes1."-".$dia1;
$fecha3 = strtotime($fecha_result);
$fecha3 = getdate($fecha3);
$year3 = $fecha3['year'];
$mes3 = $fecha3['mon'];
$dia3 = $fecha3['mday'];
$fecha_result=$dia3."-".$mes3."-".$year3;
//$hora_emision=explode(" ", "".$_POST["fecha_emision"]."");
//$hora=$fecha_emision[1];
$ip=$rowf["ip"];
$cont=$cont + 1;
echo $fecha_result; //me imprime la fecha, pero si hago echo $hora; me imprime nuevamente el mes .
he intentado hacer un explode para separar la fecha pero no logro quitarla,hay alguna función? toy mirando en el libro de php, pero por ahora no logro ver ninguna que me sirva.
Muchisimas gracias por todo nuevamente
Saludoss!!