Estás recogiendo la fecha al revés
Código PHP:
$fecha_mesmas=explode("-","".$_POST["fechamesmas"]."");
$dia=$fecha_mesmas[2];
$mes=$fecha_mesmas[1];
$year=$fecha_mesmas[0];
$fecha_mesmasfinal=$year."-".$mes."-".$dia;
Si está llegando en formato dd-mm-aaaa $fecha_mesmas[0] te devuelve el día y lo estás asignando al año
15-09-2006 pasado tal como lo tienes te devuelve
$dia 2006
$mes 09
$year 15
luego lo montas así $year."-".$mes."-".$dia; y devuelve 15-09-2006, osea, tal y como lo tenías al principio