Cita: como y donde debo programar las clases dentro de mi entorno web ?
no importa si es un entorno web, windows form, mobile, ..etc..., tus objetos los colocaras dependiendo de la funcionalidad, o si estas manejando interfaces, capas, componentes, custom controls..etc, etc, mas bien primeor debes definir la arquitectura que quieres manejar y/o como vas a exponer tus servicios, modelos, etc...,