Hola
Comprueba que la variable no esta vacia
Código PHP:
$id = $xml->video[$cont]->id_video;
$cod= $id;
/// prueba
echo $cod;
<a href="#"onClick="MM_openBrWindow('../videos/mostrar.php?codigo=<? echo $cod;?>','Descarga','status=yes,scrollbars=yes,resizable=yes,width=600,height=230')">AQUI</a>
no tendria que dar ningun problema como lo tenias en principio, pero por probar...
Saludos