Me respondo yo mismo, era un problema de logica de xml quedo asi
Código PHP:
function cargar (){
id="04";
pais="francia";
miOtroXML = new XML('<paises><pais id="03" nombre="URUGUAY"><localidad nombre="Punta del Este"><proyecto><nombre>360</nombre><estado>En Proyecto</estado></proyecto></localidad></pais></paises>');
miOtroXML1 = new XML("<pais id='' nombre=''><localidad nombre='Punta del Este'><proyecto><nombre>360</nombre><estado>En Proyecto</estado></proyecto></localidad></pais>");
//miOtroXML.firstChild.appendChild(miOtroXML1);
miOtroXML.firstChild.insertBefore(miOtroXML1, miOtroXML.firstChild.childNodes[0]);
miOtroXML.firstChild.firstChild.childNodes[0].attributes.nombre=pais;
miOtroXML.firstChild.firstChild.childNodes[0].attributes.id=id;
trace("XML INICIAL: "+miOtroXML);
}
De todas formas muchas gracias