Pues teniendo que hacer un programa en el lado del servidor, que reciba la petición del navegador y ejecute una llamada al programa en Java según la forma en que se haga en el lenguaje en el que hayas hecho ese "programa en el lado del servidor".
Si estas preguntando si directamente desde un navegador se puede llamar a un programa en Java en otro ordenador sin meter nada por en medio, la respuesta es no. Ni a uno en Java ni a uno en nada
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