Estás usando getTime(), y eso devuelve un Date, por eso te salen deprecados.
Código PHP:
GregorianCalendar calendar = new GregorianCalendar();
System.out.println("HOUR: " + calendar.get(GregorianCalendar.HOUR));
System.out.println("HOUR_OF_DAY: " + calendar.get(GregorianCalendar.HOUR_OF_DAY));
System.out.println("MINUTE: " + calendar.get(GregorianCalendar.MINUTE));
System.out.println("SECOND: " + calendar.get(GregorianCalendar.SECOND));
Si utilizas los propios de Gregorian irá bien
