Como chmod() de PHP tiene también límites en "Safe Mode", .. por eso la solución que proponen es hacer eso en otro lenguaje: Perl en ese caso .. Pero volvemos a los mismos problemas con "Safe Mode" por el hecho de tener que ejecuar desde PHP ese script Perl por "línea de comandos".
Realmente esto es un tema a discutir con el proveedor de turno, podrían usar PHP bajo "Fast-CGI" (en lugar de como módulo+safe mode) .. dicen que no en modo "Fast" (el CGI) no baja tanto el rendimiento de PHP (en este caso) y puedes disfrutar de toda la seguridad que el modo CGI y permisos de usuarios presta de por sí.
Un saludo,