Kat:
Debes de subirlo con la carpeta catalog, ya que de otra menera se te mezclara con los ficheros del Apache que estan en htdocs.
Cuando quieras mudarlo hacia otro lugar sera mucho mas facil.
Y el index.html del Apache, va entrar en conflicto con el index.php del OsCommerce!!!!!
Tendrias que modificar el conf del Apache para que cuando alguien entre al sitio entre a index.php de OsCommerce y no a index.html de Apache.
Simplemente, no lo metas con los ficheros del Apache!!!!!.
Saludos
Franco