En primer lugar, he tardado un tiempo en contestar porque me he dedicado a hacer todas las pruebas que se me han ido ocurriendo, pero creo que he dado con el motivo del problema, y os cuento.
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Iniciado por Leioa 
Yo pienso que los sensores están al reves. Es decir, el de la placa base, pertenece al micro, y viceversa.
Efectivamente, como bien indicas, los sensores están al revés. Según he ido avanzando en este tema, yo albergaba la misma sospecha, y al final lo confirmé con las indicaciones de la BIOS. He probado varios programas para la medición de temperaturas y al final me he quedado con el Motherboard, que es el que da los valores de forma correcta.
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Iniciado por Leioa Aparentemente es un problema de temperatura. Asi que yo te aconsejaría hacer esa prueba que has hecho, sin cargar la maquina, durante mas tiempo seguido. Para asegurarte con las temperaturas y para descartar que sea un problema de RAM (tambien muy posible).
He dado muchos palos de ciego, pero siempre con la indicación ya apuntada por
sam de un problema de temperatura.
He instalado un nuevo ventilador en la caja. El efecto, casi inapreciable.
He investigado acerca de
cooling software, llegando hasta WinThrottle y CpuIdleExtreme. Ambos cumplen con lo que dicen de enfriar la CPU, de forma diferente, pero no me satisfacían porque seguía sin conocer el origen del tema, aunque ya con estas pruebas se confirmaba el tema de la temperatura.
Después de probar satisfactoriamente con ambos programas decidí investigar sobre el ventilador del procesador hasta que ¡Oh milagro!, estaba puesto al revés, es decir, extrayendo aire del disipador en lugar de introducirlo.
Cambio de posición y ¡Eureka! Tan sencillo como eso. Mi única duda ahora radica en saber si siempre ha estado así o fui yo mismo el que lo colocó mal al limpiar el polvo del ordenador.
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Iniciado por Leioa Otra cosa que podría fallar, es la fuente de alimentacion.
No que esté estropeada, sino que sea pequeña, y no dé los Watios necesarios para todas esas cosas que dices que le pones.
Podría haber sido, pero con 400 w lo descarté desde un principio.
Resumiendo, gracias por vuestras aportaciones.
P.D.: Para información, donde antes alcanzaba 65 ºC el procesador tras trabajo constante de la CPU en torno al 55% (a los 10-12 minutos), ahora se establiza en los 55 ºC (y puede pasar así horas). Y donde antes alcanzaba la caja los 51 ºC, ahora se establiza en los 58 ºC.