En cuestion de optimización

[soonye]

Bueno estoy implementando mi sistema en php un poquito complejo, pero tengo una duda con respecto a la optimización de mysql, no se si es lo mismo que SQL SERVER, bueno conosco 2 maneras de hacer consultas a la bd una con codigo embebido, es decir colocar mi sentencia sql en una variable php y ejecutar y la otra trabajar con procedimientos almacenados, bueno con .net y sql server nos recomendaban usar sp porque ya las consultas estan listas para ejecutarse y por lo tanto eran muchos mas rapidas pero no se si en mysql cual es lo recomendable.