Yo te aconsejaría no usar el Movie Maker
, pero eso ya es a gusto.
No hablas del formato que ocupas en tus videos finales ni del tamaño (pj 320x480) ni de la duración media de tus videos, información necesaria para ver que te conviene más.
Quizá un mpg-4, un componente de video Flash, wmv...
El problema que tienes es que codificas en otro formato o en el mismo pero con otros ajustes, y por eso te queda tan grande el video final.