todo depende de que es lo que haga el .NET... yo también tuve un cliente con una aplicación en .net y me pidió desarrollarle todo el css... y fue un verdadero dolor de cabeza, porque el html generado era un TOTAL caos (me generaba ¡8 tablas anidadas!, y eso era solo la punta del hicberg). Y lo peor es que yo no tenía acceso al html.. tenía que indicar que cambios hacer, y alguien más veía si era posible hacer esos cambios que pedía.
Cita: ¿Los CSS vinculados tienen preferencia o tengo que usar !impontant después de cada valor, para asegurarme que lo que hay en el .NET no toma el control?
Si te genera css en un archivo aparte, mientras que tus css se carguen después no vas a tener problema.
Si genera css embebidos en el hml, usá !important.
Si genera estilos mediante atributos html... suerte, la vas a necesitar.