Estrucutra directorios para aplicación "grande"

[xmistol]

Antes de anda, agradeceros vuestra información, aunque aún me queda mucho para ese nivel de implementación o seguridad.

Os agradecería que me indicaseis como estructurar los directorios, sobre todo los de script php y js, suponer, para una aplicación que tiene diversas funcionalidades. No se si se organiza por página, por funcionalidad, por modulo, ...


imaginar el caso de gestionar clientes, direcciónes, articulos y pedidos

sería algo así??

+---raiz (de no se donde, aún, www, htdocs, etc...)
|
+--clientes
| |
| +---php
| |
| +---js
| |
| +---varios
|
+--direcciones
| |
| +---php
| |
| +---js
| |
| +---varios
|
+--productos
| |
| +---php
| |
| +---js
| |
| +---varios
|
+--pedidos
|
+---php
|
+---js
|
+---varios

o tan sencillo (o complicado de gestionar) como?

+---raiz (de no se donde, aún, www, htdocs, etc...)
|
+---php
|
+---js
|
+---varios


Gracias de nuevo