Si quieres tener el proyecto bien estructurado (diferentes directorios para cada imagenes, librerias, etc...) te recomiendo que implementes un
dispatcher. Sin él, puedes tener más de un dolor de cabeza.
Por seguridad, hay gente que recomienda poner los ficheros del programa fuera (más arriba) del directorio de publicacion.
Pero, en general, puedes hacer la estructura de directorios que quieras.