Hola
Los archivos .js y .css, no tienen propiedades especiales, son intrepretados por apache y por el navegador como documentos de texto plano, por lo que no hay mucho que configurar, solo asegurarse de que la ruta de la llamada de los archivos en el html es correcta.
Ahora si te refieres a páginas con tecnología de servidor, por ejemplo, php, asp, jsp, etc, ahí debes revisar las rutas de la configuración de esa tecnología y si has definido su interacción con apache, es decir, si le has indicado a apache que esas páginas serán interpretadas por un agente externo.
Una prueba que puedes hacer, es cargar en un navegador la página que te da problemas, una vez la tengas en pantalla, accede al código fuente, copia la ruta del archivo .js o .css y tras borrar el nombre del archivo de la página que estás vien, pega lo que copiaste en la barra de direcciones, si puedes ver el archivo, todo está bien, si no puedes, el problema son las rutas.
Ejemplo:
Si estás navegando por:
http://localhost/mi_sitio_web/pagina.html
y dentro llamas a un archivo .css, por ejemplo así:
../../estilo.css
Lo que has de hacer es poner esto en la barra de direcciones
http://localhost/mi_sitio_web/../../estilo.css
Si ves la página, todo está bien, si no la ves, revisa la ruta.
Felicidad