Hola
rock_blues.NET
Creo que lo mejor es la segunda opción, hacerlos invisibles:
<a href="algo.html" id="pepe" style="visibility:hidden">Enlace</a>
Para hacerlo visible:
document.getElementById('pepe').style.visibility = 'visible';
para ocultarlo:
document.getElementById('pepe').style.visibility = 'hidden';
Saludos,