No es cuestión de permisos, sino de configuración del servidor. No nos dices de qué servidor se trata (mal hecho), pero supondré que se trata de Apache. Se trata de no permitir el "directory listing" en un servidor "Apache" a través del archivo de configuración "httpd.conf".
Dejaré que adivines el resto.
Post-edición: Ociomax, te me has adelantado, pero la próxima vez no tardaré tanto en escribir la respuesta.
