¿Cómo hago para usar URLs cortas en un CMS que no está en el root?

[JJRC]

Mi empresa de host me permite crear múltiples sitios pero el problema está en que los crea en un subdirectorio de mi raíz. De esta manera tengo mi sitio principal en el root y el resto en root/directorio1, root/directorio2, root/directorio3 ...

El asunto es que en uno de esos directorios tengo un CMS que usa URLs cortas y necesito que el htaccess le de las instrucciones pero lamentablemente no funciona porque me dijeron que debo colocarlo en el root y precísamente en el root tengo otro CMS que usa URLs cortas.

En fin, para no marearlos. . . ¿Cómo hago para usar URLs cortas en un CMS que no está en el root?

Gracias!