No se me ocurre como podrias hacerlo dentro de tu codigo porque no lo interpreto bien, pero me parece que si utilizas un array las consultas y gurdas cada salida en una fila del array a lo mejor podes mostrar uno por uno los valores que necesitas.
Proba esto primero sin generar el PDF y despues intentalo generando el PDF.
Aca te dejo unos vinculos con algo de Arrays :
http://www.forosdelweb.com/f18/guardar-array-checkbox-420239/ http://www.4shared.com/file/2677228/7ab01764/php7.rar http://www.4shared.com/file/2790291/9232376/php8.rar
Los videos explicativos son interesantes.
Espero que te sirva mi aporte.