El tema del "menú" no es una cosa que directamente resuelva PHP. Si esos menús son "emergentes" o en cascada (con alguna dependencia uno de otros) y los efectos "visuales" para presentar esas opciones de cada menú debes resolverlo -primero- con javascrip/DHTML o como lo quieras implementar con un "lenguaje del lado del cliente".
Cuando lo tengas claro, se puede ver forma de que "PHP" genere esa estructura de datos que esas rutinas "DHTML" o las que uses necesiten para crear tus "menús" con datos que provengan de un "array" en PHP, o de una BBDD o donde quieras gestionar esos datos.
Cita: necesito ayuda para saber como programar mi sitio para que funcione en php.
header/footer/main content no se como hacerlo.
Tal cual lo planteas parece una estructura de web "modular" ... En el foro tienes muchos mensaje sque hablan del tema: usa el buscador. Tienes una FAQ que habla de lo mismo.
Si dices haber visto ya "tutoriales" pero dices que no sea lo "suficientemente claro" o habría que decir: "que haga lo que exactamente quieres hacer?" .. el concepto es diferente, no puedes pedir a un "tutorial" algo muy concreto .. pero si la base que te dé el "pié" junto con un poco de tu ingenio o ayuda que se pueda prestar para ir por tu camino y solución final), lo mejor es que tomes algún tutorial y hagas preguntas de lo que no entiendas o no sepas aplicar.
Un saludo,