Lo primero que tengo que decirte es que soy un ignorante, no se lo que es ibatis. (si tienes un minuto podrías decir aqui que diantres es eso?
)
Por otro lado... si me dices que te funciona pero que luego se te colapsa y tienes que reiniciar la DB... juraría que eso se debe a que estas habriendo conexiones pero no las estas cerrando.
Comprueba las conexiones habiertas con el enterprise manager console y mira como aparecen nuevas al lanzar tu servlet y si se cierran al terminar... Estoy casi seguro que no se cierran.
Lo que no puedo decirte es si es culpa tuya o de "Ibatis"
Un saludo.