Hola, creo que también podrías probar otra cosa. si el problema lo tienes en las caja del contenido, intenta dotar a ésta del mismo margen por la derecha e izquiera. De esta forma creo qye te centrará sin problemas la caja.
Por ejemplo:
Código:
#content {
margin: 0 4%;
background: #393939;
border: 1px solid #000;
}
Inténtalo de las dos formas (tanto esta como la anteriormente citada por Nemo1) y nos cuentas!.