La solución de Zsamer también funciona a la perfección
Código PHP:
//Aqui conexiones a la DB
$query_total = mysql_query("select SUM(puntos) as Total_Puntos from usuarios");
$total = mysql_result($query_total,0);
echo round($total);
(Le añadí el round, que sino devuelve bastantes decimales)
Gracias a los 3