Hola:
Si quieres que un elemento de formulario lleve corchetes, desde javascript tienes que ponerlo como una cadena (corchetes incluídos) dentro de corchetes...
Bueno, trataré de resolver el galimatías con un ejemplo (tu propio caso):
onchange="comprueba_extension(this.form, this.form.archivoupload[].value)"
debería ser:
onchange="comprueba_extension(this.form, this.form['archivoupload[]'].value)"
No sé si con eso será sufi... pruébalo y nos cuentas.
Saludos
