Bueno ... usé google un rato y salió este interesante artículo al respecto ..
http://www.windowsnetworking.com/art...uring-FTP.html
Parece que existe el comando:
iisftp
Por ahí ya puedes hacer tus pruebas y empezar a jugar a "lanzarlo" desde PHP con funciones como las mencionadas (exec() .. etc).
Por cierto .. te has parado a pensar lo "cerrada" que estás creando tu aplicación? .. Sólo funciona en PHP bajo Windows y con servidor IIS .. Siempre prefiero hacer aplicaciones que funcionen en todo S.O. de servidor, nunca se sabe si mañana tendrás que hacer funcionar tu sistema en otro S.O.
Un saludo,