Lo que necesitas es un conversor HTML->PDF .. justamente en los ejemplos de PDF hay unos que hace eso mismo. Toman el "HTML" (tag's) y lo "traducen" a las funciones nativas de FPDF para generar el documento PDF.
No esperes que estas conversiones sean "buenas" y perfectas .. Lo ideal es que diseñes tu PDF "a mano" con las funciones de FPDF nativas.
De todas formas . .prueba ese tipo de sistemas:
http://radekhulan.cz/item/html2pdf-c...-to-pdf-easily
Por cierto .. tienes muchas "utilidades" para generar tus PDF (basados en FPDF) hechos ya, los puedes ver en:
http://www.fpdf.org/es/script/index.php
Intenta verlos (muchos tienen demo en línea).
Un saludo,