mira, no le encuentro mucho sentido que quieras llamar a la funcion cada vez que le hagan click al enlace, si siempre va a ser de esa forma lo mejor es que pases la variable directamente, puedes intentarlo de esta forma:
<a href="pregunta.php?aciertos=1"> <?="$resp[1]"?></a>
ahora que si no quieres que vean esto "aciertos=1" cada vez que se posicionan sobre el enlace,puedes intentarlo así:
<a href="pregunta.php" target="_balnk" onClick="window.open(this.href+'?aciertos=1', this.target, 'width=300,height=400'); return false;> <?="$resp[1]"?></a>
ó así:
<a href="pregunta.php" target="popup" onClick="window.open(this.href+'?aciertos=1', this.target, 'width=300,height=400')>
espero y te sirva.
saludos.