que tal. lo haces de esta manera:
en la respuesta de tu php vas a poner mas o menos asi...
Código PHP:
echo("nombre_funcion_js()");
y luego despues del responseText lo asignas a tu varible y le mandas un eval.. asi...
Código PHP:
var ExecuteNow = ajaxfunc.responseText;
eval(ExecuteNow);
y listo....
saludos