Tendrás que usar SQL2 y hacer un LEFT JOIN para los proyectos que no tengan magnitud asignada.
Código PHP:
SELECT proyectos_propios.id_proyecto, proyectos_propios.timing, seguimiento_timing.id_timing, sum(seguimiento_marca_proyecto_propios.magnitud) as magnitud1 FROM (proyectos_propios LEFT JOIN seguimiento_timing ON proyectos_propios.timing=seguimiento_timing.timing) LEFT JOIN seguimiento_marca_proyecto_propios ON proyectos_propios.id_proyecto=seguimiento_marca_proyecto_propios.proyecto group by proyectos_propios.id_proyecto order by seguimiento_timing.id_timing ASC, magnitud1 DESC
Suerte