Hola, NUCKLEAR.
Tienes que volver a que volver a poner los valores iniciales de las variables, ancho,alto,x,y .Las declaramos al principio para que sean globales, y les damos los valores en la función inicio.
Código:
var ancho,alto,x,y;
var fin=300
function inicio()
{
ventana = window.open("", "_blank", "resizable,height=1,width=1,top=x,left=y,screenX=x ,screenY=y");
//reiniciamos los valores
x=100
y=100
ancho=100
alto=100
abre();
}
Un saludo