Cita: Ya tengo contraseñas con archivos pero aun asi todos tienen acceso a todo
Y como validas o defines a tus usuarios con su "nivel de acceso" o similar para determinar quien entra donde?
Ya que usas Mysql . .podrías gestionar tus usuarios con:
Autentificator
http://php.cluster-web.com/autentificator
Veras por lo menos como se gestiona el "nivel de acceso" y uso de sesiones para todo el sistema de autentificación. Que uses 1 o N usuarios ya es lo mismo gestionandolos en una BBDD.
Un saludo,