Si bien el PNG hace años es un standard, microsoft tiene poca gente trabajando en Internet Explorer y no han sabido solucionarlo debido al pequeño tamaño de su equipo de desarrollo (o cerebro), pero por suerte alguien se animo a hacer esas 20 lineas.
Mira aca:
http://www.tomatoma.ws/foros/viewtopic.php?p=18563