Hola,
hay algunos programas por ahí del tipo
Acrobat Writer o
Solid Converter que te dejan editar todo un archivo pdf, por grande que éste sea, de una sola vez e incluso te permiten convertir el documento a otros formatos como por ejemplo
Word.
Lo que ocurre que todos los programas de este tipo que yo he probado y que funcionen decentemente son comerciales así que o bien los descargas y los crackeas o te tocará pagar ya que sus versiones de evaluación no proporcionan la funcionalidad que tú buscas.
Saludos