Con las funciones de PHP mysql_query() sólo puedes ejecutar una sentencia SQL por instrucción: entiendase intrucción SQL a lo que está entre ; en un juego de instrucciones tipo:
INSERT INTO tabla ...;
INSERT INTo tabla ..;
(el títpico "dump" de una consulta SQL que nos dá phpMyadmin o GUI's para Mysql de ese estilo).
En ese caso .. tu "archivo" se trata por líneas (al separador ;) y se alimenta un bucle (for() .. etc) para atacar tu mysql_quer() una por una instrucción SQL.
Si usas las funciones mysqli_query() (
www.php.net/mysqli_query) puedes darle N instrucciones seguidas para que las ejecute.
No sé si será esto lo que consultas . .realmente no queda muy claro lo que quieres hacer .. intenta exponer ejemplos.
Un saludo,