Pues .. lo ideal es usar (como ya comenta el link que dejaron):
Zend Guard (
www.zend.com)
PHP Encoder (
www.ioncube.com)
Son aplicaciones de pago .. pero bueno, también hay que entender el contexto del por qué uno quiere proteger su propiedad intelectual: normalmente con animo de lucro .. así que el gasto que eso conlleve ya lo incluiran en sus proyectos de alguna u otra forma o lo amortizarán con el tiempo.
OJO que estos sistemas requieren de ciertas características (instalación de extensiones normalmente) en el servidor .. así que si usan servicios de hosting, antes pregunten si lo van a poder usar.
Un saludo,