Si, en efecto, y es que IE no cumple con los estandares del modelo de cajas, lo que yo hago es hacer mi CSS con los estandares, y luego hago otro CSS corrigiendo algunas medidas o bugs de IE.
Código:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="es">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>ColorOne</title>
<script type="text/javascript" src="common/javascript/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="common/javascript/effects.js"></script>
<script type="text/javascript" src="common/javascript/ajax.js"></script>
<link href="common/css/layouts.css" rel="Stylesheet" type="text/css" />
<!--[if gte IE 5.5]><![if lt IE 7]>
<link href="common/css/IEBugs.css" rel="Stylesheet" type="text/css" />
<![endif]><![endif]-->
</head>
<body>
<div id="frame">
<div id="superior">