Hola:
Acabo de probar este código de formulario:
<form name="prueba" >
<select name="ops" >
<option value="eñe1">eñe1</option>
<option value="eñe2">eñe2</option>
</select>
<button onclick="ops.options[ops.options.length] = new Option('mañana', 'mañana'); alert(this.form.innerHTML)">eñes</button>
</form>
... y tanto el select como la alerta me muestra las eñes (probado con explorer)...
¿No será suficiente con poner el juego de caracteres internacional en la página?
Ya saben, el meta con el charset iso-8859-1 (lo puse de memoria, pero creo que es ese...)
Saludos