Ayuda archivo de configuración y compresión de n directorios

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Hola amigos foreros,

Tengo el siguiente problema necesito hacer una aplicación que comprime n directorios con n archivos, la comprensión de los archivos ya la hice pero aún no sé como lograrlo para n directorios, tengo que leer la ruta de los directorios de un archivo de configuración escrito en xml al que la salida a n directorios ubicado en un servidor ftp.

Si alguien sabe como hacerlo, o me pudiese dar algo de ayuda se lo agradeceré.

Saludos.