¿te perjudica en algo tenerlo? No perjudicará en nada a tu sitio, pero estarías haciendo mal las cosas. Los navegadores interpretarán visualmente igual tus páginas, pero usarán un modo de análisis del documento diferente.
Si podés leer inglés, te recomiendo buscar "browser parsing mode", o esta página:
http://hsivonen.iki.fi/doctype/
No he encontrado en español alguna cosa similar, quizás alguien podría darte información en español.
Saludos.