Hay un pequeño truco para poder cerrar ventanas que no fueron abiertas vía script, pero solo funciona en explorer, no estoy seguro si hay una manera de hacerlo en otro explorador como firefox.
Código:
function cerrarVentana()
{
var $window = window.self;
$window.opener = window.self;
$window.close();
}
Nada más en el botón de cerrar, le asignas al evento onclick que llame a la función cerrarVentana, por ejemplo:
Código HTML:
<input type="button" name="Cerrar" value="Cerrar" onclick="cerrarVentana()" />
Un saludo!