Si no tienes necesidad de tener un disco móvil ve siempre por la opción interna. Las versiones externas son difíciles de recuperar en caso de desastre, además de los temas de rendimiento que puedan existir.
Si te decides por un externo usa firewire y no USB, que por lo menos firewire suele tener mejor manufactura. Siempre recomiendo esta lectura:
http://barrapunto.com/articles/05/04/12/1613209.shtml