La CPU no está saturada para nada, lo que esta saturado es apache con demasiadas conexiones simultaneas que no terminan de cerrar ya sea por problemas de dns, time out demasiado largo u algún otro problema
Aparte del consejo quee escribí arriba, asegurate de tengas:
HostnameLookups Off
y que tengas servidores dns válidos en el archivo /etc/resolv.conf
Aquí hay una guía de optimización de servers