Intentaré abreviar.
Según tengo entendido, GNU/Linux tarda a menudo más en arrancar por el modo en el que arranca. GNU/Linux lanza un servicio, comprueba que funciona correctamente, y va a por el siguiente. Sin embargo MS Windows lanza los servicios sin esperar a comprobar si funcionan correctamente, así que se ahorra ese tiempo de espera y comprobación. No estoy completamente seguro de que sea así, pero bueno, es lo que me han contado. Por otra parte, en GNU/Linux se está investigando hace tiempo en la posibilidad de arrancar servicios de manera concurrente. Es decir, si el servicio B depende del servicio A, no podremos arrancarlo hasta que haya arrancado A, pero si C no depende de ninguno de los dos, no hay ningún motivo para esperar a que A y B estén en funcionamiento. Por lo tanto, habría que organizar el arranque para que se lance A, y antes de que A esté en funcionamiento, lanzar C, para que vayan cargando simultáneamente, y ahorrar tiempo de arranque.
En todo caso, lo del arranque es lo de menos. ¿Cuántas veces arrancas el PC al cabo del día? Yo generalmente sólo lo arranco una vez, y porque hace demasiado ruido como para dejarlo encendido de noche. No creo que sea un criterio decisivo para elegir un sistema operativo. Al fin y al cabo, son sólo unos minutos al día. Si tanta prisa tienes por usar el PC... enciéndelo dos minutos antes.
En cuanto a seguridad, no existe sistema seguro al 100%. De hecho, la seguridad depende en gran medida del usuario. Imagina que tienes una casa con puerta blindada, barrotes de acero, detectores de movimiento, guardas armados en cada esquina... un auténtico bastión... y tú te dejas la puerta abierta. Pues sí, el sistema era muy seguro, pero tu comportamiento ha dejado esa seguridad en agua de borrajas.
Pero claro, sí que es cierto que no es lo mismo una puerta blindada y una puerta de cartón. La primera sólo será insegura si te la dejas abierta. La segunda será siempre insegura. Desde ese punto de vista, GNU/Linux es una puerta de acero, y MS Windows una puerta de cartón.
¿Motivos para justificar esa diferencia? Muchos. Primero, motivos estructurales, ya que GNU/Linux es un sistema basado en la seguridad desde su propia concepción. MS Windows es un sistema ideado sin tener en cuenta la seguridad, al que luego se le han ido añadiendo parches para tapar los múltiples agujeros. Además GNU/Linux es software libre, lo cual quiere decir que cualquiera puede colaborar para corregir sus errores. Tanto GNU/Linux como MS Windows pueden tener errores de seguridad, ya que son obras humanas, y toda obra humana está sujeta a errores. La cuestión es que si descubres una vulnerabilidad de MS Windows, tienes tres opciones: notificar el error a los desarrolladores y esperar a que se decidan a solucionarlo; aprovechar la vulnerabilidad para crear un virus, un troyano o algo peor; o no hacer nada. Si descubres una vulnerabilidad en GNU/Linux, tienes una cuarta opción: arreglarlo por ti mismo. Sobre el código de GNU/Linux hay millones de ojos buscando errores para resolverlos. Sobre el código de MS Windows puede haber muchos desarrolladores, pero nunca tantos como en GNU/Linux.
También influye la diversidad. Si quisieras afectar a la mayoría de sistemas MS Windows con un virus, ¿cuántas versiones tendrías que preparar? Con un solo virus podrías afectar a todos los Windows XP, que no son pocos, y con otro más afectarías a todos los Windows 2000. Conseguirías una propagación increíble en poco tiempo. Es por eso que virus como Sasser, Blaster y demás tienen tanta repercusión. Pero en GNU/Linux, ¿cuántas versiones tendrías que preparar? Existen
muchísimas distros distintas. Además, cada distro puede ser configurada con distintos kernels, distintos entornos gráficos, distintos servicios... ¿cómo programar un virus que se pueda propagar por una comunidad tan heterogénea? Si creas un virus que infecte a Debian Etch, éste seguramente no afectará a Debian Sarge, ni a las distintas variantes de Debian como Ubuntu, ni tampoco a distros de otras familias como RedHat, Gentoo, Suse... La gran diversidad y heterogeneidad en GNU/Linux hace que los virus no tengan fácil encontrar el modo de propagarse.
Por lo tanto, si te decides a sabotear los sistemas GNU/Linux, te encuentras primero con un SO construido pensando en la seguridad, así que te será difícil encontrar vulnerabilidades. Una vez encontrada una vulnerabilidad, te arriesgas a que se solucione enseguida ya que hay miles o millones de personas comprobando y corrigiendo el código vulnerable en todo el mundo. Aún en el caso de que no se solucione rápidamente, te encuentras con que debes elegir una distro y una configuración concreta para infectar, ya que no es posible crear un virus que afecte a todas las distros simultáneamente. Es decir, un trabajo dificilísimo, que probablemente no obtendrá grandes resultados, y por lo tanto no podrás satisfacer tu orgullo de "cracker". Seguramente tirarás la toalla, y preferirás satisfacer tu orgullo arreglando la vulnerabilidad, y enviando el parche con la solución a los desarrolladores.
En el software libre, es más fácil satisfacer tu orgullo y ganar popularidad construyendo que destruyendo. Ése es el auténtico motivo por el cual apenas hay virus para GNU/Linux, y los que hay apenas tienen incidencia.
Y motivos para elegir GNU/Linux en vez de MS Windows hay muchos más. Uno importantísimo es que es
libre, sobre todo si valoras la libertad en más que cero. Pero en fin, he dicho que intentaría ser breve, así que dejaré que otras personas hablen de las ventajas de GNU/Linux.