Solo para agregar PHP no tiene nada que ver con SSL, o mas bien, es "transparente" para PHP.
SSL, es un protocolo seguro que se usa a travez de HTTP, asi que para PHP es transparente el uso, y solo le da mas seguridad a la comunicacion entre el cliente y el servidor.
Esto no significa que usando SSL, tu aplicacion automaticamente sea segura, aun asi debes tu como programador implementar la mayor seguridad posible en tu aplicacion, protegerlo contre SQL Injection, Globales, etc.