Te recomiendo que heches un vistazo a PHP.net y consultes las funciones FTP con las que dispone PHP.
http://cl.php.net/manual/es/ref.ftp.php
Espero te ayude ;D.
Atte... DarkXNightmare ;D.
PD: Para editar los permisos de una carpeta o archivo FTP, tienes que usar la función ftp_chmod() y no chmod() :P.