Prueba con esto, te falta el rs.next() para leer los resultados de BD y he quitado algo de código (si no te gusta con que pongas rs.next() en el tuyo también debería ir)
Código PHP:
public void insertar(int filas)throws SQLException, Exception {
filas = contfilas();
Connection con = null;
Statement sentencia = null;
String URL = "jdbc:mysql://localhost/visitas";
String query ="";
PreparedStatement ps = null;
ResultSet rs = null;
int resultado;
try {
//cargamos el Driver
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
//conectamos con la base de datos
con = DriverManager.getConnection(URL, "root", "");
query = "SELECT MAX(Identificador) AS CANTIDAD FROM visitadentro";
ps = (PreparedStatement) con.prepareStatement(query);
rs = ps.executeQuery();
if (rs.next()){
identificador = (rs.getInt("CANTIDAD") != null) ? (rs.getInt("CANTIDAD") + 1) : 1;
}else{
identificador = 1;
}
inserta = "INSERT INTO visitadentro (Identificador, Fecha, NombreEmpresa,Visitado, Motivo) " +
"VALUES("+identificador+", NOW(), '"+nombre+"','"+visitado+"','"+motivo+"')";
//Creamos el ststement
sentencia = con.createStatement();
//Ejecutamos la actualizacion de la tabla
sentencia.executeUpdate(inserta);
sentencia.close();