como no icluiste el codigo, es muy posible que tengas que usar hacks para iE jejej ya que si esta bien tu codigo lo primero que aria es ve el padding con el modelado de cajas que es un error en IE, depues procederia por elementos flotantes si es que tienes..
pero casi seguro es que por el padding..
buscalo en css.. por ahy ya fue mencionado
nota: esto solo si tu pagina esta marquetada en css